南昌县莲塘第二中学的机构设置
党总支办公室
协助处理党总支各项事务工作。
校办公室
协助学校领导处理日常事务工作，负责人事、文秘、职称等方面的工作。
教务处
主要分管学校的教学工作，考试工作，招生工作，具体负责制定教学计划，组织教学实施，检查落实教师备课、上课、作业布置及批改情况，负责组织各项考试检测，制定、执行教育质量奖惩制度，制定、执行教学津贴方案。组织教师参加业务培训，组织学生参加各级各类竞赛。
学工处
主要分管学校的班级工作、学生工作、德育工作，具体负责学籍管理，学生行为规范管理，班主任队伍管理，组织开展学生活动，组织德育教育以及班主任的培训提高。负责学校的安全保卫工作，执行学校制定的有关安全规范，负责住宿生管理，执行学校制定的有关住宿生管理制度。
科研信息处
主要分管学校的教育科研工作，教学信息收集，现代教育技术运用方面的工作，具体负责教育教学科研活动的开展，组织教师参与课题研究，负责教学资料、教学信息的收集、整理及购买，组织教师编写教学资料，负责教学质量分析，负责实验电教工作的开展，负责学校网站的建设与维护。
总务处
负责学校基建、财务管理工作，负责学生公寓、校园环境的管理工作。
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